El brote de un nuevo virus ha tomado el control de la red de Internet con el lanzamiento de la web oficial de Prototype. Los jugadores pueden ya conectarse y disfrutar de la recopilación de información sobre el juego y los nuevos materiales que se ocultan tras la doble hélice de la cadena de ADN de Prototype. El videojuego está envuelto en una oscura y profunda conspiración que se lleva gestando 40 años, y las diferentes combinaciones posibles de la bases del ADN, ofrecerán a los jugadores la oportunidad de desenmarañar las piezas de la historia oculta del juego, conocida como "Web of Intrigue". Introduciendo las secuencias de bases correctas, los fans de Prototype podrán desbloquear y acceder a nuevos y exclusivos materiales, incluyendo nuevas pantallas del juego, nuevos videos y otras misteriosas imágenes; además, como la cadena de ADN se encuentra en constante evolución, poco a poco irán apareciendo nuevas secuencias que desbloquear.

Los códigos de las secuencias de bases que forman la estructura de esta cadena de ADN aparecerán ocultos en los artículos del juego publicados en prensa online, escrita y televisión, así como en otros medios, hasta el final del año. Descubre los códigos, introdúcelos en la web de Prototype y desbloquea la estructura de la cadena de ADN para desvelar los secretos ocultos tras la historia del juego. PROTOTYPE estará disponible en otoño de 2008 en Xbox 360, PlayStation 3 y PC, y está pendiente de calificación por edades por parte de PEGI.