Obsidian Entertainment lanzó al mercado hace justamente un año Alpha Protocol, bajo la protección de Sega. El título mostraba unos niveles de calidad muy altos, con ideas muy buenas, pero que no consiguió llegar al nivel de ventas que desde Sega habrían deseado. Por ello, en julio de 2010 Sega ya comentó que no habría secuela. Pues bien, ahora el jefe de Obsidian Entertainment, Feargus Urquhart, ha comentado que aunque no estén desarrollando esta secuela, le habría gustado hacerlo, ya que tienen muchas ideas para poder mejorar el concepto de juego del original. Considera que siempre tienen que ser optimistas y pensar que lo pueden hacer mejor, pero aquí tenemos la confirmación definitiva de que nunca veremos Alpha Protocol 2.