Según comenta el desarrollador japonés Hideo Kojima, el proyecto de Zone of the Enders 3 se encontraría, de momento, en espera. La razón de que esté detenido es que Kojima quiere centrarse en "ese juego tabú, ese proyecto secreto que puede hacer que deje de la industria". Comentarios enigmáticos aparte, durante la gira de promoción de Metal Gear Solid: Peace Walker, el creador comentó: "Hemos realizado algunas cosas de Zone of the Enders 3, pero hemos tenido que volver sobre nuestros pasos". Los fans de uno de los juegos de culto de PlayStation 2 tendrán que seguir como el juego, a la espera.