A pesar de que Team Ninja se encuentra enfrascado en el desarrollo de Ninja Gaiden 3: Razor's Edge y Dead or Alive 5, el director de este último juego ha declarado que a Team Ninja le gustaría volver a trabajar con Nintendo en una nueva entrega de Metroid, tal y como ya hicieron en el pasado con Metroid: Other M, lanzado para Wii. Sin embargo, ha dicho que este asunto está fuera de sus manos, puesto que la licencia de Metroid pertenece a Nintendo, aunque mantienen un contacto directo con Yoshio Sakamoto, creador de la saga Metroid, quien ya hace bastante tiempo declaró que una secuela de Metroid: Other M solo sería posible con la participación de Team Ninja. Por otra parte, los creadores de las entregas Metroid Prime, Retro Studios, aún no han confirmado que estén trabajando en un nuevo título protagonizado por Samus Aran.